Der Startknopf funktioniert im Endeffekt so, dass er zwei Pins überbrückt, wenn der gedrückt wird.
Es klingt so, als wären die beiden Pins permanent gebrückt -> sobald Strom drauf ist, wird erkannt, dass der Startknopf "gedrückt" ist und angeschalten.
Da der Startknopf permanent aktiv ist, also auch beim Herunterfahren, wird scheinbar ein erneutes Brücken nicht erkannt.
Überprüf bitte mal, ob die Front-Connectors richtig am Mainboard angeschlossen sind und nimm die Verkabelung sicherheitshalber mal nach Mainboardhandbuch neu vor.