Der zweite Stecker einfach irgendwo hin klemmen, wo er nicht stören kann.
Bei einem 4Pin Anschluss auf dem Mainboard, handelt es sich wohl um reichlich betagte Hardware und ein recht neues Netzteil.
Es gibt bei dieser Konstallation jedoch keinerlei Probleme, da die ATX Standard abwärtskompatibel sind.