Im Grunde ist es vollkommen egal welcher Anschluss genutzt wird.
Soweit ich weiß gibt es nur zwei Unterschiede beim PUMP Header
1. Bei Werkseinstellung laufen hier angeschlossene Geräte immer mit PWM / DC 100%
2. Der Header hat meistens eine bessere Stromversorgung gegenüber normalen Lüftern, da das bei manchen Pumpen durchaus nötig sein kann (sofern kein eigener Stromanschluss per SATA / Molex an der Pumpe vorhanden ist)
Wie schon angerissen wurde wirst du bei CPU und CPU Optional vermutlich eine Warnung erhalten, wenn nichts angesteckt ist. Diese kannst du aber im BIOS deaktivieren.
Bei mir werden beispielsweise alle Lüfter sowie auch die Pumpe über den Corsair Commander Pro gesteuert. Ich habe also an überhaupt keinen Mainboard Header etwas angeschlossen. Wie schon gesagt musste ich die Warnung bzw. das Monitoring des CPU Headers deaktivieren, da sonst bei jedem Boot gewarnt wird.